Lo Schema Direttore del PRG definisce le condizioni generali di assetto del territorio e di equilibrio ambientale, individua le strategie complessive e gli ambiti ove si localizzano le più rilevanti trasformazioni urbane, e garantisce il quadro complessivo e pre-verificato di coerenze e compatibilità necessario, oltre all'assetto infrastrutturale relativo. Esso rappresenta, in forma semi-simbolica, l'idea di città e della sua trasformazione, il sistema di obiettivi ed i principali strumenti per perseguirli, definisce la struttura dell'assetto spaziale e organizzativo della città. Elaborato-base del nuovo Piano Regolatore Generale, lo Schema è destinato a permanere nel tempo più a lungo delle previsioni di dettaglio che il Piano contiene negli altri elaborati, e di quelle che saranno definite dagli strumenti attuativi: ciò in quanto deriva le proprie scelte da una diagnosi dei grandi problemi e da un progetto delle scelte strategiche.

L'Amministrazione Comunale ha assunto lo Schema Direttore come riferimento vincolante per la propria azione in tre direzioni:

nei rapporti con gli altri soggetti istituzionali di governo del territorio;

nella verifica di coerenza delle azioni di attuazione del PRG e di altri interventi (ad esempio di quelli che richiedono l'adozione di varianti parziali) con le scelte strutturali in esso esplicitate;

nella programmazione degli interventi sul territorio, in quanto lo Schema Direttore costituisce lo strumento attraverso il quale gli obiettivi di progettazione urbanistica possono essere associati agli strumenti di programmazione e gestione.

L'attuazione del PRG farà riferimento alle previsioni quantitative (capacità insediativa del piano), in relazione all'analisi dei fenomeni in atto e agli scenari previsionali assunti dallo stesso; saranno verificati con cadenza quadriennale lo stato di attuazione, la saturazione delle previsioni insediative, le difficoltà attuative.

I Progetti di sistemi sono piani-programmi di organizzazione di strutture reticolari relative ad un settore(infrastrutture di trasporto, i servizi alle persone, il verde urbano, ecc.).

Tali quadri di sintesi sono insieme momenti di autocontrollo del progetto di Piano e strumenti di verifica della coerenza di azioni settoriali da intraprendere rispetto alla configurazione equilibrata del sistema. Un'azione di attuazione del Piano si può in questo caso valutare attraverso la modificazione indotta sulla prestazione globale del sistema rispetto al quale l'azione stessa produce effetti.

Fanno parte del Piano i Sistemi:

- Il sistema ambientale

- Il sistema idrogeologico

- Il sistema insediativo storico

- Le ville e i parchi

- La mobilità

- Gli spazi per le attività economiche

- Il sistema dei percorsi e degli spazi urbani con particolare riguardo alle funzioni urbane centrali

- Il sistema abitativo, dei servizi, degli spazi e attrezzature per l’infanzia e la gioventù.

Il terzo strumento che compone l'insieme degli elementi strutturali del progetto di Piano Regolatore è il Progetto Speciale. Si tratta di un insieme strutturato e coordinato di azioni che un gruppo di soggetti  con la guida della Pubblica Amministrazione intraprendono, finalizzato ad un obiettivo complessivo. Il progetto di PRG individua cinque Progetti Speciali:

- Sistema principale delle funzioni urbane centrali

- Riqualificazione e potenziamento aree di interscambio ferroviarie

- Sacro Monte

- Valle Olona

- Lago di Varese.

Questo strumento intreccia la logica della programmazione economica e tecnico-operativa con quella progettuale della trasformazione di una porzione di territorio. Il Progetto Speciale è strumento di gestione, in quanto contiene tutti gli elementi per il controllo e l'auto-diagnosi nel tempo: obiettivi specifici, azioni, fasi, alternative, luoghi di applicazione, soggetti e ruoli.

E' lo strumento tecnico concepito per favorire, nei casi più complessi, la costruzione dei contenuti progettuali relativi agli accordi di programma e alle altre forme di concertazione delle decisioni tra soggetti pubblici e privati.

Il Progetto Speciale è la formula che è stata adottata per contenere quel complesso integrato di interventi che in Francia vengono chiamati di riabilitazione: termine che meglio di recupero, o anche di riqualificazione, esprime la tensione verso il ruolo che una parte di città è chiamata a svolgere entro un progetto globale